Le nouveau Plan de Gestion 2022-2031, élaboré sur la base d'un diagnostic écologique et socioculturel par l’équipe de la réserve, puis validé en 2022 par un Conseil Scientifique Régional, décline les enjeux et les axes de travail pour la prochaine décennie, et met l’accent, notamment, sur les suivis scientifiques de la faune et de la flore. Cette démarche va permettre une importante bancarisation de données scientifiques qui seront particulièrement précieuses pour tenter de mieux comprendre l’impact du changement climatique sur ce fragile écosystème et sur les espèces et adapter la gestion globale de la réserve naturelle.
La mission de suivi des milieux ou des espèces est primordiale dans la gestion quotidienne d'un espace naturel mais aussi dans la définition des objectifs à long terme. Définir des objectifs implique une connaissance préalable de la zone et des espèces qui s'y trouvent mais aussi d'un contrôle permanent des actions menées afin de s'assurer des résultats engendrés par celles-ci. Les suivis scientifiques et les données naturalistes sont alors les outils permettant de mesurer les effets des actions réalisées sur les milieux naturels et d'adapter les directives futures.
D'autre part, si les données récoltées lors des inventaires, suivis ou études scientifiques, apportent une connaissance locale, elles viennent aussi renseigner les études bien plus globales comme le constat des effets du changement climatique. En effet, toutes les données récoltées sur la réserve naturelle du Marais d'Orx alimentent la base de données nationale de l'Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) et s'inscrivent parfois dans des protocoles à échelles locale, nationale, européenne ou mondiale.
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